El nombre de Puerto Vallarta es en honor del Lic. Ignacio L. Vallarta, notable jurisconsulto jalisciense y exgobernador del Estado.
Los restos arqueológicos más antiguos que se han encontrado en Puerto Vallarta -hasta la fecha- provienen del sitio llamado "La Pedrera" en la calle Costa Rica, en la colonia Lázaro Cárdenas. Es probable que los primeros asentamientos se hayan establecido alrededor del año 300 a.C. en el Preclásico Medio. Mil años después llegó la gente de Aztatlán en el Post Clásico Temprano y finalmente estuvo habitado por grupos de la cultura Banderas en el Post-Clásico Tardío. Esta cultura fue la que encontraron los españoles cuando llegaron al Valle.
El Teniente Lázaro Blanco en su Relación de Compostela, escrita en 1584, comenta que los naturales llamaban a este Valle "Xihutla" que quiere decir "lugar donde crece la hierba". El capitán Francisco Cortés de San Buenaventura fue el conquistador de esta región. Narran los cronistas que cuando llegó al pueblo de Tintoque, estaban esperándolo a la entrada más de veinte mil indios armados y portando una banderita de plumas en la mano y otra en el carcaj.
Los españoles traían cuatro estandartes reales y una de damasco rojo con una imagen de La Purísima al frente y una cruz por atrás. Al ver tantos enemigos, el fraile que venía con ellos se arrodilló para pedir el auxilio divino y al momento, el estandarte de Damasco se llenó de resplandores infundiendo valor en los soldados y pavor en los indios quienes se rindieron, dejando a los pies del padre sus banderitas y sus armas. Esto sucedió en marzo de 1525, y por eso, los españoles le dieron al Valle el nombre de "Banderas" que conserva hasta la actualidad.
Puerto Vallarta anteriormente llamado "Las Peñas", "Peñitas" y, probablemente en años más lejanos "El Carrizal", fue fundado en la época independiente el 12 de diciembre de 1851, por Guadalupe Sánchez Torres, su esposa Ambrosia Carrillo y algunos amigos como Cenobio Joya; Apolonio de Robles; Cleofas Peña y Martín Andrade -entre otros-, quienes le dieron el nombre de "Las Peñas de Santa María de Guadalupe" por ser ese día el dedicado a la virgen.
El 31 de octubre de 1886 se erige en comisaría del orden político y judicial Las Peñas del municipio de Talpa, por el Decreto N° 210 del H. Congreso del Estado.
Por decreto número 305 del H. Congreso del Estado, del 2 de mayo de 1888, la comisaría de Las Peñas es anexada al municipio de San Sebastián.
El 31 de mayo de 1918, la comisaría de Las Peñas es elevada a la categoría de Municipio por decreto número 1889 del H. Congreso del Estado. Al cambiar de categoría política la comisaría de Las Peñas recibió el nombre de municipio de Puerto Vallarta, a petición del diputado Dr. Marcos Guzmán. El decreto referido se publicó el 5 de junio de 1918.
El 31 de mayo de 1968, el pueblo de Puerto Vallarta es elevado a la categoría de ciudad por decreto número 8366 del H. Congreso del Estado, al celebrarse su 50º Aniversario como municipio.
Actualmente, la ciudad de Puerto Vallarta sigue siendo la cabecera municipal.
Fecha oficial del establecimiento de los primeros pobladores en la desembocadura del río Real o de Cuale a la que le dieron el nombre de "Las Peñas".
Se funda en Guadalajara, Jalisco la compañía minera La Unión en Cuale que adquirió las tierras que abarcaban desde las minas de Cuale, hasta donde se asentaba el rancho de Las Peñas.
Los Diputados del Estado Guzmán, Garibay y Alas, solicitan al Gobierno general que se habilite el puerto de Las Peñas para el comercio marítimo de altura y cabotaje.
El almirante George Dewey de la Armada Norteamericana, reporta que "En la boca de un arroyo llamado Río Real, se encuentra el poblado de Las Peñas a donde los barcos vienen a cargar "Palo de Tinte" (brasil).
El 7° Cantón, Tepic es declarado Territorio, quedando Las Peñas dentro de sus límites. La enérgica protesta del gobernador Tolentino, logró la devolución del Puerto.
Se erige en Comisaría del Orden Político y Judicial Las Peñas del municipio de Talpa, por el decreto número 210 del H. Congreso del Estado.
Se establece en Las Peñas el Registro Civil.
La Comisaría de Las Peñas es anexada al municipio de San Sebastián por medio del decreto número 305 del H. Congreso del Estado.
El Dr. Ignacio Díaz Macedo, obispo de Tepic concede autorización para construir la iglesia de Las Peñas.
El norteamericano Alfred W. Geist adquiere el 90% de las acciones de la compañía La Unión en Cuale, quedando en sus manos el control de las minas y los terrenos en donde se asentaba la comisaría de Las Peñas.
Se inaugura el Faro de Cabo Corrientes que por muchos años fue el más potente de las costas mexicanas. El fanal original aún se encuentra en uso en Cabo Falso, Baja California.
Llegan los rebeldes a Las Peñas disparando sus rifles y vitoreando a Madero. Los vecinos tuvieron que huir y los bandoleros saquearon el pueblo.
Se abre la Oficina Postal en la casa del señor Francisco Guevara y el 26 de septiembre la Oficina de Telégrafos.
La comisaría de Las Peñas es elevada a la categoría de municipio por decreto número 1889 del H. Congreso del Estado, con el nombre de "Puerto Vallarta" y el Puerto es declarado de altura.
Se erige en Parroquia la Vicaría de Las Peñas.
Puerto Vallarta es declarado de nuevo Puerto de cabotaje.
Puerto Vallarta es azotado por un huracán que causó graves daños, incluyendo a sus alrededores. Se establece la Montgomery Fruit Co., en Ixtapa.
Estalla el primer levantamiento cristero en el Puerto, encabezado por el señor Benigno Verduzco y el padre Francisco Ayala.
Se inaugura el servicio público de energía eléctrica.
Vallarta es declarado Puerto de altura. El 3 de diciembre llega el primer avión que era piloteado por Charles Vaughan, a quien apodaban "Pancho Pistolas".
Se inauguran las luces de enfilación del Puerto "Los Faros" del malecón y de la calle Matamoros.
Vallarta es, otra vez, declarado Puerto de cabotaje.
Siendo Presidente Municipal el señor Rodolfo Gómez, se instala el primer sistema de bombeo y tanques para dotar a la población de agua entubada.
Se inaugura la nueva pista de aterrizaje construida a un lado de la Vena de Santa María. Los hermanos Fierro reanudan los vuelos entre el Puerto y Guadalajara.
Se inaugura la brecha Compostela-Puerto Vallarta por el gobernador del Estado de Nayarit, Candelario Miramontes y el presidente de Compostela, Salvador Gutiérrez.
Con grandes festividades se celebra cien años de la fundación del Puerto.
Inicia operaciones la Compañía Mexicana de Aviación.
El Gobernador de Estado, Agustín Yáñez y el doctor Manuel Baumgarten, inauguran la brecha Mascota-Puerto Vallarta.
Se inaugura la nueva terminal aérea cerca del estero El Salado.
La filmación de la película "La Noche de la Iguana" atrae a decenas de periodistas que, a través de sus artículos, dan a conocer a Vallarta en el mundo entero.
El pueblo de Puerto Vallarta es elevado a la categoría de ciudad según el decreto número 8366 del H. Congreso del Estado, y a Puerto de altura. El H. Ayuntamiento de Puerto Vallarta ordenó crear el Escudo Municipal con motivo de elevación del pueblo a la categoría de ciudad.
Se inaugura el servicio telefónico automático doméstico y de larga distancia, en el Puerto.
Se realiza en esta ciudad la entrevista de los presidentes Gustavo Díaz Ordaz de México y Richard M. Nixon de los Estados Unidos, para solucionar el problema del Chamizal.
El presidente Díaz Ordaz decreta la expropiación de 1026 hectáreas del ejido Puerto Vallarta para regularizar la tenencia de la tierra.
Las fuertes lluvias originadas por el huracán Lilly, causaron grandes daños materiales en la cabecera municipal y sus alrededores.
Por decreto del presidente Luis Echeverría se funda el Fideicomiso Puerto Vallarta, que se encargaría de la legalización de los terrenos que antes pertenecían al ejido. El producto de su venta se utilizaría en hacer obra para el bien de la comunidad, como calles, electrificación, agua potable, drenaje y alcantarillado.
La Coalición Cívica Democrática "José López Portillo" toma pacíficamente las instalaciones del Ayuntamiento para evitar que el alcalde, Eugenio Torres R., tomara posesión de su cargo.
El Presidente de la República, José López Portillo, hace entrega al alcalde Rafael González Pimienta del nuevo edificio de la Presidencia Municipal.
Debido a las fuertes lluvias se desbordaron los ríos Mascota y Ameca, dejando más de 400 damnificados y arrasando con las cosechas. Se desplomó el puente de la Desembocada y el del Río de Ameca se agrietó.
La Comisión Ballenera Internacional, tuvo su cuadragésima sexta convención en este puerto.
Un temblor de 7.5 grados en la escala de Richter, sacudió la ciudad a las 9:36 horas. El movimiento más largo duró un minuto con 15 segundos. La corona que remataba la torre de la iglesia se desplomó y varios hoteles de la zona norte sufrieron cuantiosos daños.
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